Es muy bien sabido las ventajas de usar un servidor lighttpd, (modulo FastCGI bien desarrollado, Módulo Stream FLV, entre otras) pero también tiene el problema de no poder usar los famosos .htacces de Apache, que  permiten configurar como se comportará el servidor en ese directorio.

La cuestión es que este comportamiento de puede emular con algunos trucos aunque debo decirles que la idea no es completamente mia, aunque si la modifique de la original. En esa pagina usan un script ruby, en ves de python, entre otras diferencias.

Lo primero que debemos hacer es crear un script python. Con las siguientes lineas:

#! /usr/bin/python
import os
path = '/www/htdocs/' #cambia esta linea por el directorio base de tu servidor
fname = '.htaccess'

for root, dirs, files in os.walk(path):
    if fname in files:
        try:
            inp = open(os.path.join(root, fname),"r")
            for linea in inp.readlines():
                print linea
                inp.close()
        except IOError:
            pass

El script lo que hace es buscar el el directorio raiz del servidor todos los archivos .htaccess en todas las sub carpetas e imprimir su contenido en pantalla.

Nota: Recuerda no eliminar, ningún espacio ni los saltos de lineas, ya que sino el interprete python devolvería un error. Debemos darle los permisos de ejecución, además el directorio donde lo guardamos, debe ser accesible para el servidor.

Luego abrimos el archivo lighttpd.conf (en debian, y ubuntu se encuentra en /etc/lighttpd/lighttpd.conf) y agregamos la linea:

include_shell "/www/script.py"

Suponiendo que el archivo lo guardamos con el nombre de script.py en el
directorio /www. Puedes guardarlo en cualquier lugar, solo asegurate que
el servidor pueda tener acceso al archivo, y colocar el path completo en
el archivo lighttpd.conf.

Luego de esto debemos reiniciar el servidor, en ubuntu y debian bastará
con un:

sudo /etc/init.d/lighttpd restart

Si todo lo hicimos bien, y los archivos .htaccess que tenemos en los directorios no tiene errores de sintaxis, nuestro servidor arrancará con las configuraciones de los .htaccess, cualquier pregunta deja tu comentario